Почётная ученица в школе магии

Прошло столетие с тех пор, как "истинная магия", изначально считавшаяся фольклором и легендами, стала повсеместно используемой технологией. Первая старшая школа при Национальном магическом университете (Первая школа), одна из девяти магических академий Японии, принимает двух родственных абитуриентов — Миюки и Тацую Сибу. Школа делит учащихся на две группы, Курс 1 и Курс 2, на основе результатов вступительных экзаменов. Это приводит к явному пренебрежению к студентам Курса 2, которых учащиеся Курса 1 называют "сорняками", а себя — "цветами".

Тацуя зачислен на Курс 2, тогда как его сестра Миюки попадает на Курс 1 как лучшая студентка. Миюки стремится показать Первой школе, что, несмотря на статус брата как неспособного, он является одним из сильнейших магов в мире. "Mahouka Koukou no Yuutousei" пересказывает историю "Mahouka Koukou no Rettousei" с точки зрения Миюки и других женских персонажей.